Tomoyo After chỉ đòi hỏi người chơi tương tác ở một vài đoạn, phần lớn thời gian còn lại là đọc những dòng chữ xuất hiện trên màn hình, thường mô tả đoạn đối thoại giữa các nhân vật khác nhau xen lẫn suy nghĩ nội tâm của nhân vật chính. Sau khi nắm bắt tình huống thông qua những dòng chữ, người chơi sẽ nhìn thấy một "điểm quyết định" và đưa ra từ 2-3 sự lựa chọn[1]. Các "điểm quyết định" này thường thay đổi và xuất hiện không đều đặn, có thể cách nhau ít phút hoặc lâu hơn. Trò chơi sẽ tự động tạm dừng khi người chơi nhìn thấy những điểm này, chờ cho đến khi người chơi đưa ra quyết định, sau đó cốt truyện sẽ tiến triển theo một hướng nhất định. Người chơi sẽ phải chơi lại nhiều lần, mỗi lần lại chọn những hướng khác nhau để đạt được những kết thúc tương ứng, từ đó mới nắm bắt được nội dung của toàn bộ visual novel[1]. Theo mạch trò chơi, người chơi sẽ dần dần mở được các hình ảnh hentai thể hiện cảnh Tomoya và Tomoyo cùng quan hệ tình dục.

Có một tính năng đặc biệt của Tomoyo After không thường thấy ở các visual novel khác, đó là sự xuất hiện của hệ thống "Dungeons & Takafumis", sẽ khiến người chơi có cảm giác như đang sử dụng một trò chơi nhập vai khá giống như các phiên bản đầu của dòng game Final Fantasy[1]. Muốn kết thúc visual novel, người chơi sẽ phải hoàn tất 8 mini game nhập vai nhỏ lần lược xuất hiện theo kịch bản để có thể tiếp tục câu chuyện.